采用DEA-Tobit两步法研究了我国水稻主产区在1997—2014年间的生产效率及影响因素。研究发现，东北平原水稻生产效率最高，长江流域次之，东南沿海最低；在影响水稻生产效率的因素中，人均收入水平、科技发展水平、收入依赖程度、市场化水平对水稻生产效率有显著的正向影响，基础教育水平有方向性的正向影响，自然灾害有方向性的负向影响。在此基础上本文提出了提高我国水稻生产效率、保障粮食安全的政策建议。